Einer der bekanntesten Bürger von San Giovanni Rotondo war der vielverehrte und mittlerweile heiliggesprochene Padre Pio. Immer noch pilgern täglich zahlreiche Gläubige zur Krypta der Kirche Santa Maria delle Grazie, um an seinem Grabmal zu beten und die Zelle zu besichtigen, in der er wohnte. 2004 wurde die große Wallfahrtsbasilika San Pio da Pietrelcina fertiggestellt. Nach dem mexikanischen Guadalupe und der „ewigen Stadt“ Rom ist San Giovanni Rotondo der drittmeist besuchte christliche Wallfahrtsort der Welt. Bis zu sieben Millionen Pilger reisen jährlich dorthin.